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検索オプションを最終的にレジストリに保存するのは、常駐秀丸エディタも含め
た全ての秀丸エディタが終了したときになっています。
もし何らかの原因でWindowsのシャットダウン時に保存がうまくいかなかった場合、
検索オプションが保存されていないということもあり得るかもしれません。
もしそういう問題が起きているとしたら、ファイルヒストリや検索ヒストリも保
存されていないということが起きていると思います。
そういう問題だとしたら、いったんシャットダウン前に手動で常駐秀丸エディタ
も含めて全て秀丸エディタを終わらせると、一回確実に保存することになって、
次から起きないかもしれません。
常駐秀丸エディタは、タスクバーの右端に小さなアイコンになっています。
クリックしていないとすぐ見えないようになってしまうので、タスクバーの右端
あたりの「＜」のようなボタンをクリックして全てのアイコンを表示させること
ができます。
あるいは、もしマクロを使われることがあるようでしたら、マクロがオプション
を変更してしまっているのかもしれません。
もしマクロが変更してしまっている場合は、マクロの先頭と最後（または
endmacro前）に以下のようにしておくと、マクロがオプションを変更したままに
なってしまうことは無くなると思います。
//マクロ先頭
$s = searchbuffer;
#f = searchoption;
：
//マクロ最後
setsearch $s, #f;
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