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症状と全く同じではないかもしれないですが、１つ考えられる原因として、
VirtualStoreがあります。
秀丸エディタの32bit版は互換性のためにVirtualStoreが有効になっています。
もしCatMemoNoteをC:\Program Files配下に置いている場合、秀丸エディタで保
存したはずのものが反映されないということが起こり得ます。
回避するには、秀丸エディタを管理者として起動すると、VirtualStoreは無効に
なります。
または、[その他]→[動作環境]→[32bit版]で「VirtualStoreを無効にする」を
ONにして再起動すると、メモ帳などを同じ挙動になります。
あるいは、CatMemoNoteをマイドキュメントやC:\MyFolderといった任意のフォル
ダにコピーしても回避できると思います。
ただ、症状を見る限りではVirtualStoreの問題とは一致しない点もあり、外して
いたらすみません。
こちらで試してみたところでは、Program Files配下にコピーした場合は、秀丸
エディタ32bit版でiniファイルを書き換えて反映されない問題は確認できました
が、書き換えたら初期化されてしまう問題は確認できませんでした。
エンコードの関係で見落としがちな設定としては[その他]→[ファイルタイプ別
の設定]→[その他]→[保存・読み込み]のエンコードの種類の指定がありますが、
ここがもし指定されていたら「自動判定」にすると通常通りになります。
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