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この件は１つの解決案があるので、ここにコメントさせていただきます。
話題が長くなりそうだったり多くある場合は会議室を移動していただくこともあ
ります。
秀丸ファイラーClassicで、サイドバーの検索枠からの検索で「サブフォルダの
検索」をONにして検索すると、結果が一覧表示されます。この項目をコピーなど
の操作をすることで可能です。
具体的には、ツールバーの「検索」（またはメニュー[表示]→[サイドバー]→
[検索]）で検索枠を出します。
「ファイル名のすべてまたは一部」に例えば拡張子txtが対象の場合「*.txt」と
入力します。すべてのファイルの場合は空欄か「*.*」にしてもいいです。
「サブフォルダの検索」をONにして検索します。
「*.txt」などの場合は結果が絞られていますが、「*.*」の場合はフォルダも混
じると思うので、「名前」や「種類」カラムをクリックするなどをして、ソート
します。
目的のものを複数選択して、コピー/切り取りや、ドラッグ＆ドロップの操作で、
別のフォルダにまとめてコピーができます。
もし同じファイル名がある場合は、Windows標準のコピーダイアログと同様の選
択肢が出ます。この挙動はOSによって違います。
xpの場合は、上書きするかコピーしないかの選択肢しかないです。Windows7以降
の場合は、指示に従って両方のファイルを保持すると自動的に番号が振られます。
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