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確かに改行の長い無い一行の扱いは苦手とするところで、いろいろ遅いことになって
しまっていて、秀丸エディタの課題でもあります。
現状でなんとかするとしたら、このパターンで使えそうなこととして、バイナリモー
ドで開くとなんとかする方法も考えられると思います。
バイナリモードで開くには、[その他]→[動作環境]→[ファイル]の『「バイナリモー
ドで開く」を使う』をONにして開くダイアログから開く方法や、ファイルを開いた後
にキー割り当てされた「バイナリモード」コマンドを使ってできます
または、[その他]→[メニュー編集]で、「ファイル」メニューの「バイナリモード」
をONにしておくとやりやすいです。
例えば、ファイルの内容が
AB CD DE
だとして、バイナリモードで開くと、
41,42,20,43,44,20,44,45,
となります。
バイナリモードの場合は、適当なところに改行が入るようになって、テキストとして
編集しやすくなっていて、保存時は見た目上の改行は無視されます。
置換で、「20,」を「0D,0A,」（または改行=LFの場合「0A,」）にして置換すると、
無理矢理ですが、このケースではなんとかなると思います。
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